Если помещение хорошо проветривается, и окна сильно не нагреваются, то никакого вреда от пластиковых окон нет. Т.е. он не больше, чем от других пластиковых предметов. Обычно пластик при нагревании выделяет всякие вредные вещества. Но вы же нагревать окна не будете, а от солнца я думаю они вряд ли так сильно нагреются.
И деревянные оконные профили бывают из разного дерева, в том числе и выделяющего вредные вещества при нагревании. Например для производства деревянных оконных рам могут быть использованы различные пропитки, покрытия, клей, содержащие разную вредную химию.
Но я не думаю, что их вред настолько велик, что вам теперь нужно опасаться возить детей к бабушке с дедушкой. Вы же с детьми и по городу ходите и в разных местах бываете и можете даже не подозревать сколько вокруг всего вредного содержится и в воздухе витает.
