Если Вы давали оконной компании сами размеры, то ничего не докажите.
Если к Вам приезжал замерщик оконной компании и сам мерил проемы под окна, то тогда компания в ответе и обязана все переделать за свой счет.
На будущее - окна в деревянных домах ставятся в "окосячку", которую иногда делает застройщик а иногда оконщик, как договоритесь. Окосячку тоже надо уметь правильно делать и окна туда тоже надо правильно вставить, это только профессионалы могут, любителям не справится.
В Вашем случае не все так плохо, не унывайте
теперь Вам надо аккуратно демонтировать окна, сделать грамотно окосячку, при этом придется вырезать часть деревянного фасада по всему периметру скорее всего, а потом саму окосячку и затем снова вставить окно. И главное надо рассчитать так, чтобы зазор между окном и окосячкой по всему периметру составил 2,5-3 см, так как дом все равно будет еще не один год давать усадку и потом надо еще монтаж делать запенить, (для деревянных окон паклей). Делать это по очереди по одному окну. то есть в окосячка должна быть больше на 5-6 см самого окна.